Dibentuknya organisasi lembaga pendidikan Akabri (sekarang Akademi TNI) adalah didasarkan kepada pengalaman sejarah dimasa lalu, bahwa rivalitas antar Angkatan begitu tinggi dan persaingan yang kurang sehat karena dipengaruhi oleh suasana politik saat itu, serta timbulnya berbagai gejolak yang mengancam persatuan dan kesatuan bangsa. TNI sebagai bhayangkara negara pernah merasakan betapa pahitnya menghadapi PKI pada tahun 1960an, dimana tanpa kekompakan TNI sulit untuk mengatasi gerakan Politik PKI. Oleh karena itu para pendiri TNI merasa perlu untuk menyatukan visi dan persepsi dengan mengintegrasikan Angkatan Perang dan Polri menjadi ABRI. Seiring dengan itu timbul pula pemikiran untuk memulai mengembangkan semangat integrasi dini sejak dilembaga pendidikan.

Dorongan untuk menyatukan lembaga pendidikan TNI ditingkat Akademi bukan hanya mempersiapkan sumber daya manusia TNI yang memiliki profesionalisme saja, tetapi juga untuk menumbuhkan rasa kebersamaan, kekompakan dan semangat integrasi. Keinginan untuk berintegrasi ini sudah dicanangkan jauh sebelumnya oleh para pendiri TNI antara lain Jenderal TNI Gatot Soebroto yang pada saat itu menjabat sebagai Wakil Kepala Staf Angkatan Darat pada tahun 1957 yang menggagas perlunya pendidikan integrasi satu atap, namun kondisi pada waktu itu belum memungkinkan. Berdirinya Akabri pada tahun 1965 ini juga sejalan dengan upaya integrasi angkatan bersenjata negara-negara lain dalam mendidik perwiranya, seperti Jepang dengan NDA nya mendidik semua perwira AD, AL, AU pada tahun 1960 dibawah satu atap sampai sekarang. Oleh karena itu berdirinya Akabri merupakan salah satu harapan besar baik bagi TNI maupun bagi masyarakat, demi terwujudnya persatuan dan kesatuan bangsa.Akademi TNI (dahulu Akabri) dibentuk melalui suatu proses bertahap diawali dengan dibentuknya suatu panitia yang dipimpin oleh Laksamana Muda OB Syaaf pada tanggal 5 Juli 1965 dengan tugas pokok menyusun dan merencanakan pendidikan Akademi TNI yang terintegrasi dalam satu wadah.

Atas dasar perencanaan tersebut maka pada Tanggal 16 Desember 1965 keluarlah Surat Keputusan Presiden RI No.185 /Koti/1965 sebagai dasar berdirinya Akademi TNI dan selanjutnya tanggal tersebut ditetapkan sebagai hari jadi Akademi TNI Realisasi pembentukan Akademi TNI di laksanakan secara bertahap mulai dari integrasi formil pada tanggal 5 Oktober 1965. Kemudian integrasi parsiil tahap satu pada tanggal 29 Januari 1967 dengan di bentuknya Akabri bagian umum di Magelang dan dilanjutkan integrasi parsiil tahap II pada tanggal 29 Januari 1969 dengan pemberian wewenang dan tugas komando kepada Danjen Akabri terhadap Akabri bagian.

Sejalan dengan dinamika perkembangan di lingkungan TNI, sejak berdirinya Akabri tahun 1967 organisasi Akabri telah mengalami beberapa kali perubahan organisasi yakni pada tahun 1984, 2002, 2007 dan 2008. Adanya reformasi pada tahun 1999 secara resmi telah berganti nama menjadi Akademi TNI dan Akademi Angkatan berada dibawah Mabes Angkatan masing-masing sedangkan Resimen Chandradimuka (Menchandra) tidak lagi berkedudukan dibawah Akademi Militer namun berkedudukan dibawah Danjen Akademi TNI.

Sampai dengan tahun 1984 masih menganut pola pendidikan 4 tahun, sedangkan sejak 1985 menganut pola 3+1 dengan pengertian tahap pertama diselenggarakan selama 3 tahun masih berstatus Taruna, adapun tahap kedua pada tahun ke-4, sudah berstatus sebagai perwira berpangkat Letnan Dua. Mulai tahun 2007 lama pendidikan Akademi kembali dilaksanakan dalam 4 tahun, dengan alokasi pendidikan integratif 1 tahun diselenggarakan oleh Menchandra Akademi TNI dan 3 tahun di Akademi Angkatan sesuai Keputusan Panglima TNI nomor : Kep/56/V/2007 tanggal 11 Mei 2007 tentang perubahan lama waktu pendidikan integratif Taruna Akademi TNI dari 5 bulan menjadi 12 bulan. Sesuai dengan Keputusan Panglima TNI Nomor Kep/215/III/2018 tanggal 7 Maret 2018 tentang Perubahan Lama Waktu Pendidikan Integratif Taruna Akademi TNI dari 12 bulan menjadi 6 bulan.